Además de los grandes riesgos para el medio ambiente, la principal razón para evitar los transgénicos en los alimentos es la gran incertidumbre científica que existe en torno a estos productos.
Hasta la fecha, no se han hecho las pruebas y estudios necesarios para garantizar científicamente que su consumo no tendrá efectos nocivos a mediano y largo plazo. La industria biotecnológica, interesada en vender transgénicos, ha señalado que no hay datos para confirmar daños en la salud, pero tampoco existen datos científicos publicados que garanticen que no los habrá. La ausencia de datos no significa ausencia de riesgos.
En nuestro país la autoridad sanitaria encargada de protegernos contra riesgos sanitarios NO realiza ninguna investigación propia sobre los transgénicos: para autorizar el consumo de estos organismos, se basa en la información presentada por las compañías creadoras de los transgénicos interesadas en comercializarlos .
Por esta irresponsabilidad, en México nadie sabe quiénes están comiendo 
transgénicos, cómo y en qué cantidades. Los propios consumidores ignoramos si los hemos comido y en qué cantidades. Sin este monitoreo básico será muy difícil o imposible documentar qué ocurre con quienes comen transgénicos y actuar en caso de que éstos provoquen dañosa la salud. La investigación científica sobre la seguridad de los transgénicos y sus impactos en los mexicanos debe realizarse en nuestro país de manera imparcial, independiente y con un sentido de interés público. En tanto dicha investigación científica no se lleve a cabo, los consumidores preocupados por su salud y la de su familia rechazan consumir transgénicos.
